Gereja penting lain di Lisbon adalah gereja Saint Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa) yang didedikasikan untuk Santo Antonius dari Lisbon, lebih dikenal di seluruh dunia Kristen sebagai Santo Antonius dari Padua. Menurut tradisi, gereja dibangun di tempat santo itu lahir, pada tahun 1195.
Sejarah menceritakan bahwa Fernando de Bulhões, Santo Antonius, lahir di Lisbon pada tahun 1195, putra dari keluarga kaya. Pada tahun 1220, saat belajar di Coimbra, ia masuk Ordo Fransiskan dengan nama Antonio. Perjalanan misionarisnya akan membawanya ke Italia, di mana dia menetap di Padua. Karena popularitasnya yang luar biasa, dia dikanonisasi kurang dari setahun setelah kematiannya, pada tahun 1232.
Situs rumah keluarga tempat Fernando dilahirkan, yang terletak sangat dekat dengan Katedral Lisbon, diubah menjadi kapel kecil pada abad ke-15. Bangunan awal ini, yang tidak tersisa, dibangun kembali pada abad ke-16, pada masa pemerintahan Raja Manuel I.
Pada 1730, di bawah pemerintahan John V, gereja dibangun kembali dan didekorasi ulang. Dalam gempa bumi Lisbon tahun 1755, gereja Santo António dihancurkan, dan hanya kapel utama yang masih berdiri. Itu sepenuhnya dibangun kembali setelah 1767 dengan desain Baroque-Rococo oleh arsitek Mateus Vicente de Oliveira. Inilah gereja yang bisa dikunjungi hari ini.
Sejak 1755 prosesi meninggalkan gereja setiap 13 Juni, melewati Katedral Lisbon dan melewati lereng lingkungan Alfama, di sekitarnya.
Perlu dicatat bahwa pada 12 Mei 1982, Paus Yohanes Paulus II mengunjungi gereja tersebut. Kemudian patung Santo Antonius (oleh pematung Soares Branco) diresmikan di alun-alun di depan gereja dan didoakan di ruang bawah tanah, yang menandai tempat di mana santo itu dilahirkan.