Tidak diragukan lagi, salah satu rute komunikasi utama di departemen Chocó adalah Sungai Atrato, salah satu yang terbesar di dunia dan yang menawarkan kemudahan navigasi yang lebih baik.
Perpanjangannya adalah 750 km dan kemampuan navigasi 500 km, ia lahir di bukit Plateado, di pegunungan barat, mengikuti jalur selatan-utara antara pegunungan ini dan pegunungan Baudo, melalui lembah yang terlalu lembab, yang sangat disukai sebagai sarana komunikasi, hingga akhirnya mengalir ke Teluk Urabá, di perbatasan antara Chocó dan Antioquia.
Di antara banyak anak sungainya, yang paling menonjol adalah: Riosucio, Murri, Arquía, dan Truandó. Pelabuhan utamanya adalah Quibdó. Cekungan sungai Atrato, yang luasnya 35.000 km, kaya akan emas, kayu dan juga sebuah daerah sangat subur.
Sungai Atrato melintasi Taman Nasional Los Katíos, itu adalah bagian dari biogeografi Chocó, dianggap sebagai daerah dengan keanekaragaman hayati paling banyak di planet ini dan salah satu yang paling banyak hujan, karenanya aliran sungai ini menunjukkan aliran tinggi.